В университете девять факультетов. На восьми факультетах в соответствии с Государственными образовательными стандартами Российской Федерации вуз ведёт подготовку:
бакалавров (срок обучения - 4 года с правом продолжения обучения в течение года по соответствующей специальности или в двухлетней магистратуре)
- менеджмента
- экономики
- техники и технологии
- сельского хозяйства
- рыболовства
- рыбного хозяйства
- экологии и природопользования.
дипломированных специалистов (срок обучения - 5 лет с правом поступления в аспирантуру)
- экономистов
- менеджеров
- инженеров
- информатиков
- ихтиологов-рыбоводов
- учёных агрономов
- зоотехников
магистров (срок обучения - 2 года после бакалавриата с правом поступления в аспирантуру)
- техники и технологии
- рыбного хозяйства