В университете девять  факультетов. На восьми факультетах в соответствии с Государственными образовательными стандартами  Российской Федерации вуз ведёт подготовку:

бакалавров  (срок обучения - 4 года с правом  продолжения обучения в течение года по соответствующей специальности или в двухлетней магистратуре)

•     менеджмента
•     экономики
•    техники и технологии
•    сельского хозяйства
•    рыболовства
•    рыбного хозяйства
•    экологии и природопользования.

дипломированных специалистов (срок обучения - 5 лет с правом поступления в аспирантуру)

• экономистов
• менеджеров
• инженеров
• информатиков
• ихтиологов-рыбоводов
• учёных агрономов
• зоотехников

магистров (срок обучения - 2 года после бакалавриата с правом поступления в аспирантуру)

• техники и технологии
• рыбного хозяйства