Историко-культурный центр является преемником Музея истории академии, который был открыт 24 мая 1996 года, в дни празднования 30-летия ВУЗа, и располагается на втором этаже главного корпуса. Экспозиция центра рассказывает о многолетнем пути становления и развития КВМУ-КВИМУ-БГАРФ. В залах можно узнать об основных этапах развития рыбной отрасли страны и Калининградского региона. Здесь можно ознакомиться с Постановлением Правительства СССР №330 от 30 апреля 1966 года и приказом Министра рыбного хозяйства СССР №166 от 26 мая 1966 года о создании Калининградского высшего мореходного училища. 

Стенды и экспонаты центра рассказывают о людях, стоящих у истоков формирования ВУЗа, о самых интересных событиях их жизней, посвященных академии. Можно познакомиться со структурой учебного заведения по состоянию на 1966 год и сравнить ее с сегодняшним днем. Большое место в центре отведено истории становления и развития факультетов: судоводительского, судомеханического, радиотехнического, транспортного. 

Ряд экспозиций рассказывает о людях, внесших наиболее весомый вклад в историю и развитию научных школ академии. Это заслуженный деятель науки и техники РФ, доктор технических наук, профессор Кулагин Виталий Дмитриевич, содружество двух видных ученых в области холодильной техники – доктор технических наук, профессор Константинов Лев Иванович и Мельниченко Людмила Григорьевна, наш первый ректор Клетнов Юрий Поликарпович, первый декан судоводительского факультета, доцент, капитан дальнего плавания Полтавцев Алексей Иванович, известный во всем мире парусный капитан-Коломенский Геннадий Васильевич. 

В других залах центра можно по-настоящему ощутить почти столетнюю историю «винджаммеров» - всемирно известных барков «Крузенштерн» и «Седов». Здесь представлены подлинные документы, географические карты, фотографии, портреты, художественные работы, призы, награды, дипломы, памятные медальоны и медали, полученные судами за участие в международных парусных регатах, части такелажа и навигационные приборы разных лет, книги открытки, флаги, значки и вымпелы. Музей стал традиционным местом встречи выпускников КВМУ-КВИМУ-БГАРФ разных лет. Сюда стало традицией возвращаться с рассказами о своей работе, делиться опытом с будущими специалистами, интересоваться судьбой своих сокурсников. Сюда приходят абитуриенты, когда только присматриваются к будущей профессии, и первокурсники, только начинающие свою жизнь в стенах вуза. Есть интерес к музею у школьников и лицеистов Калининградской области, гостей образовательного университетского комплекса Росрыболовства. 

Традиционным стало посещение Историко-культурного центра морского образования БГАРФ курсантами учебных заведений отрасли из других регионов России, проходящих плавательную практику на борту знаменитых барков «Крузенштерн» и «Седов». Это помогает им проникнуться богатыми традициями и ощутить причастность к славной истории кузницы кадров рыбопромыслового и транспортного флота.